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分子动力学模拟

分子动力学 (Molecular Dynamics, MD) 模拟是一种基于牛顿力学,综合了物理、数学和化学等多种学科的计算机模拟方法,用于研究分子体系的运动和相互作用、预测分子体系的行为和结构性质。通过计算机分子模拟,研究人员能够在分子水平上理解生物大分子的运动与生物功能、蛋白-小分子之间相互作用机理。目前,MD 模拟已广泛应用于生物医药、物理、化学和材料科学等科学和技术领域,是对理论计算和实验方法的有力补充。

Obtaining Molecular
Structure
Setting Main
Parameter
Molecular Dynamics
Simulation
Data Analysis Giving the corresponding
molecular force field
Setting of box size and
pH values
Optimizing the system
energy

Figure1. 分子动力学模拟流程图
(Food Chem. 2023 Mar 30;405(Pt A):134824.)

分析项目

  • 骨架波动:RMSD、RMSF
  • 相互作用分析:氢键网络、盐桥、Contact-Map 等
  • 构象转变:PCA、Energy-landscape plotting
  • 热点残基:Alanine-scanning、Energy-decomposition
  • 构象采样:聚类分析、优势构象识别
  • 结合自由能:MM-PBSA、TI、FEP
  • 理化性质:能量、体积、压强、温度、密度监测

服务优势

  • 从分子对接、虚拟筛选
    到动力学模拟的
    一站式服务

  • 高性能的
    计算机服务器

  • 专业的分子模拟
    和药物设计团队

  • 可提供多样化的
    分析项目

  • 具有竞争力的
    价格优势

  • 高度标准的
    数据隐私管理

每个分子动力学模拟项目需经评估后确定对应的方案和价格。进一步了解服务价格或技术详情等信息,
请发邮件至 sales@MedChemExpress.cn 或直接联系 MCE 的销售人员。

* 客户姓名:
* 计算模拟需求:
(请详细描述您想要计算的内容,或者通过计算想达到的研究目的)
* 预期结果:
(如果对于计算结果有预期或者有对应的实验结果,请具体填写)
* 蛋白编号:
(晶体等周期性体系可以提供相应的 cif 文件,蛋白类体系可以
提供 pdb 文件或者序列,分子体系可以提供 chemdraw 导出的
cdx 文件或者提供相应的分子结构式。可单独提供文件附件)
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